El quehacer universitario se desarrolla principalmente a través de: 77 facultades, el Sistema de Enseñanza Abierta, 26 institutos de investigación, 19 centros de investigación, el Programa de Estudios de Cambio Climático, el Museo de Antropología de Xalapa, 25 observatorios, el Hospital Veterinario para Grandes Especies, el Complejo Cultural Tlaqná, ocho Talleres Libres de Arte, dos Centros de Iniciación Musical Infantil, la Galería de Arte, 17 Centros de Idiomas y de Autoacceso, el Departamento de Lenguas Extranjeras, la Escuela para Estudiantes Extranjeros, seis Unidades de Servicios Bibliotecarios y de Información, 51 bibliotecas, la Biblioteca Virtual, cuatro sedes de la Universidad Veracruzana Intercultural, siete Casas de la universidad, 14 Brigadas universitarias, el Centro de Estudios en Salud, la Clínica Universitaria de Salud Reproductiva y Sexual, el Centro de Atención para el Cáncer y 17 centros Centinela.

Actualmente, la Universidad es dirigida por el Rector Dr. Martín Gerardo Aguilar Sánchez, por el periodo de cuatro años, que abarca de septiembre de 2021 a agosto de 2025. La administración universitaria tiene un rumbo definido a través de una planeación institucional de tipo estratégica, integral y participativa, con el Programa de Trabajo 2021-2025. Por una transformación integral, conformado por seis ejes, de los cuales dos transversales y cuatro estratégicos. El documento incluye las políticas institucionales congruentes con la Ley General de Educación Superior.